此前，癌癥基因組聯(lián)盟（International Cancer Genome Consortium）向科學(xué)界公布了超過1萬個癌癥基因組的數(shù)據(jù)，利用這些數(shù)據(jù)科學(xué)家們就能夠更好地從基因方面入手來了解癌癥的發(fā)生及進(jìn)展機(jī)制，這就為后期研究人員開發(fā)治療多種癌癥的新型靶向療法提供了新的思路。

近年來，科學(xué)家們一直在深入進(jìn)行癌癥基因組學(xué)等相關(guān)研究，他們希望通過深入剖析能夠鑒別出引發(fā)癌癥的根本原因，那么如今在癌癥基因組學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的研究中研究人員都得了哪些成果呢？本文中小編對此進(jìn)行了整理，分享給各位！

【1】PLoS Med：癌癥基因組的延續(xù)：三陰性乳腺癌和癌癥免疫療法

doi：10.1371/journal.pmed.1002193

近日，一項刊登于雜志PLoS Medicine上的研究報告中，來自耶魯大學(xué)的研究人員通過研究描述了三陰性乳腺癌的一種新亞型，相比其它難以治療的疾病而言，這種類型的乳腺癌可能更容易進(jìn)行治療。

之所以稱之為三陰性乳腺癌是因為這種乳腺癌缺少了一些和靶向性療法反應(yīng)相關(guān)的分子特性，文章中，研究者Hatzis及其同事對那些對細(xì)胞毒性化療方法反應(yīng)敏感性較好或較差的患者進(jìn)行研究，對來自患者機(jī)體的腫瘤進(jìn)行分析，同時研究者還通過全外顯子組測序技術(shù)對29個病例進(jìn)行研究，并且在后期患者的研究中證實了他們的研究結(jié)果。

研究者指出，攜帶新鑒別出的BRCA缺失的亞型患者往往會因為化療而變得生存較好，但患者同時會承擔(dān)高負(fù)擔(dān)的突變以及新抗原的產(chǎn)生，而這些都會被免疫系統(tǒng)靶向作用，基于相關(guān)的研究發(fā)現(xiàn)，研究者表示，免疫療法或許都能在BRCA缺失的三陰性乳腺癌患者機(jī)體中進(jìn)行試驗。

【2】Cell：全面解析大規(guī)模癌癥基因組

doi：10.1016/j.cell.2014.09.050

來自癌癥基因組圖譜研究網(wǎng)絡(luò)(The Cancer Genome Atlas Research Network， TCGA)的研究人員針對甲狀腺癌（thyroid cancer）進(jìn)行了綜合分析，鑒別出了一些侵襲性腫瘤的標(biāo)記物，這有可能為給予個別患者適當(dāng)?shù)闹委煼椒ㄌ峁┝烁玫陌悬c。

研究結(jié)果表明，有可能可以基于一些遺傳標(biāo)記物將這一疾病進(jìn)行重新分類，推動甲狀腺癌更多地受益于施藥。

“對于甲狀腺癌基因組景觀的這一認(rèn)識將改進(jìn)它的分類，改善分子診斷。這將幫助我們將那些需要積極治療的患者與腫瘤不太可能會生長或擴(kuò)散的患者區(qū)分開來，”密歇根大學(xué)醫(yī)學(xué)院病理學(xué)教授Thomas J. Giordano博士說。

【3】Nature：揭示癌癥基因組啟動子突變數(shù)量顯著增加機(jī)制

doi：10.1038/nature17437

在一項新的研究中，來自澳大利亞新南威爾士大學(xué)（UNSW）的研究人員發(fā)現(xiàn)DNA修復(fù)在我們的基因組的重要區(qū)域受到損傷，從而對人體修復(fù)DNA損傷的能力提供新的認(rèn)識。

修復(fù)諸如紫外線輻射和香煙煙霧之類的能夠?qū)е峦蛔兊沫h(huán)境因素對DNA造成的損傷是阻止我們的細(xì)胞發(fā)生癌變的一種基本過程。

在這項研究中，研究人員分析了來自14種癌癥類型的1161種腫瘤樣品的2千萬多個DNA突變。他們發(fā)現(xiàn)在許多癌癥類型中，尤其是皮膚癌，發(fā)生在被稱作“基因啟動子”的基因組區(qū)域中的DNA突變數(shù)量特別高。重要的是，這些DNA序列控制著基因如何表達(dá)，而這又會決定細(xì)胞的類型和功能。相關(guān)研究結(jié)果于2016年4月13日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標(biāo)題為“Differential DNA repair underlies mutation hotspots at active promoters in cancer genomes”。

【4】Nature：癌前基因組圖譜計劃或?qū)㈤_啟 科學(xué)家將實現(xiàn)對腫瘤實時追蹤

新聞閱讀：Hunt for cancer 'tipping point' heats up

目前對成千上萬個癌癥基因組測序的數(shù)據(jù)庫正在不斷膨脹，有些科學(xué)家就認(rèn)為，我們應(yīng)當(dāng)將目光轉(zhuǎn)移到研究“青春期”時期腫瘤的DNA，即在腫瘤癌變之前對其進(jìn)行深入研究。近日在華盛頓舉辦的美國癌癥研究協(xié)會年度會議（AACR）上，研究人員就討論了如何對癌變前期病變組織的基因組進(jìn)行測序，而這些組織的異常生長有時就會進(jìn)展成為成熟的癌癥，相關(guān)研究結(jié)果就能夠幫助研究人員確定合適的治療方法，并且?guī)椭_發(fā)一些新型療法來阻斷癌癥發(fā)生惡性病變。

來自約翰霍普金斯大學(xué)的研究人員Elizabeth Jaffee表示，這項研究計劃已經(jīng)列入到了未來癌癥研究計劃清單幾乎zui頂端的位置上了，這也是我們開始對癌癥研究領(lǐng)域進(jìn)行*研究的一項計劃。當(dāng)然這個想法還是下一個癌癥“大科學(xué)”研究項目中的一個計劃，同時該計劃還能夠借鑒癌癥基因組圖譜計劃的研究策略。

但這種新型的癌前基因組圖譜計劃將會隨著時間推移對癌癥的進(jìn)展進(jìn)行研究，從理論上來講其包含了相同腫瘤組織發(fā)展過程中的多個“快照”信息，研究人員也能夠以此來確定什么樣的改變會使得腫瘤越過臨界點而惡性發(fā)展。

【5】Nature：揭示出胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的全基因組圖譜

doi：10.1038/nature21063

在一項新的研究中，來自意大利、英國、澳大利亞、中國和美國的研究人員揭示出正常情形下與乳腺癌、結(jié)腸癌和卵巢癌相關(guān)聯(lián)的基因變化也能夠促進(jìn)一種罕見的胰腺癌產(chǎn)生。相關(guān)研究結(jié)果于2017年2月15日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標(biāo)題為“Whole-genome landscape of pancreatic neuroendocrine tumours”。

這些研究人員發(fā)現(xiàn)每5名胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤（pancreatic neuroendocrine tumour， PanNET）病人就多達(dá)1人具有明顯的癌癥遺傳易患性，即便這些患者沒有這種疾病的家族史。

這些發(fā)現(xiàn)有望讓人們有朝一日能夠鑒定出有風(fēng)險患上這種癌癥的人、有風(fēng)險患上這種疾病惡性形式的人，以及哪些人可能對當(dāng)前的或新的靶向療法作出反應(yīng)。

【6】Nat Commun：全基因組關(guān)聯(lián)性研究或助力前列腺癌PSA篩查技術(shù)重奪“霸主”地位

doi：10.1038/ncomms14248

來自加州大學(xué)舊金山分校和凱薩醫(yī)療機(jī)構(gòu)的研究人員近日通過研究在健康男性機(jī)體中鑒別出了正常前列腺特異抗原（PSA）水平的遺傳預(yù)測子，相關(guān)研究刊登于雜志Nature Communications上，該研究或能幫助改善基于PSA的前列腺癌篩查測試技術(shù)的準(zhǔn)確性。

zui近，被認(rèn)為能夠作為癌癥早期檢測*的前列腺癌篩查PSA檢測技術(shù)能夠改善前列腺癌患者的預(yù)后，但在過去5年里，一系列研究表明，PSA檢測技術(shù)似乎靈敏度不夠，頻繁的假陽性結(jié)果往往會導(dǎo)致過多不必要的醫(yī)療程序，而且假陰性結(jié)果也會給男性一種虛假的安全感；2012年，PSA檢測技術(shù)被美國預(yù)防工作小組評為D級，而且這種檢測手段也不再被一些保險公司所覆蓋。

研究者John Witte博士指出，在過去幾年里，PSA篩查越來越不再流行了，而且該技術(shù)的使用率不斷下降，前列腺癌患者診斷的數(shù)量也開始下降；讓很多人不安的是，被診斷的部分患者還會在后期階段進(jìn)行疾病診斷，從而就使得患者不再可能進(jìn)行成功治療了。當(dāng)前PSA測試的一個主要問題就是對男性機(jī)體中產(chǎn)生的不同水平的蛋白質(zhì)進(jìn)行一刀切的方法來進(jìn)行檢測；本文研究中，研究人員利用新型的全基因組關(guān)聯(lián)性研究對此進(jìn)行分析，結(jié)果表明，通過重新考慮影響不同男性產(chǎn)生PSA水平的遺傳突變，或許就能夠使得PSA測試重新獲得其在癌癥預(yù)防領(lǐng)域的地位。

【7】Nature：鑒定出宮頸癌的新的基因組特征

doi： 10.1038/nature21386

在一項新的研究中，來自癌癥基因組圖譜研究網(wǎng)絡(luò)（The Cancer Genome Atlas Research Network， TCGA）的研究人員鑒定出宮頸癌的新的基因組特征和分子特征。這將有助于對這種疾病進(jìn)行分型，并且可能有助開發(fā)出每名宮頸癌病人的靶向療法。他們對178種原發(fā)性宮頸癌的基因組進(jìn)行完整的分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)70%以上的宮頸瘤在一到兩種重要的細(xì)胞信號通路中發(fā)生基因組變化。令人意外的是，他們也發(fā)現(xiàn)一小部分宮頸瘤并不表現(xiàn)出人乳頭瘤病毒（HPV）感染的證據(jù)。相關(guān)研究結(jié)果于2017年1月23日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標(biāo)題為“Integrated genomic and molecular characterization of cervical cancer”。

在*，每年有50多萬新發(fā)宮頸癌病例和25多萬宮頸癌死亡病例。美國國家癌癥研究所代理主任Douglas Lowy博士說，“絕大多數(shù)宮頸癌病例是由致癌性HPV持續(xù)感染所導(dǎo)致的。多年來，已有有效地抵抗大多數(shù)致癌性HPV類型的預(yù)防性疫苗面世，接種它們有長期的潛力來降低宮頸癌病例數(shù)量。”

Lowy博士注意到，“然而，大多數(shù)在未來的幾十年內(nèi)患上宮頸癌的女性已超過推薦進(jìn)行接種疫苗的年齡，因而將不會獲得這種疫苗的保護(hù)。因此，宮頸癌仍然是一種急需有效療法的疾病，而且除了HPV的基因之外，這項的TCGA分析可能有助在發(fā)現(xiàn)靶向?qū)m頸癌基因組的重要序列元件的藥物中取得突破性進(jìn)展。”

【8】Nat Med：利用CRISPR-Cas9進(jìn)行全基因組篩選找到胰腺腫瘤弱點

doi：10.1038/nm.4219

在科學(xué)家們建立了CRISPR-Cas9基因編輯技術(shù)之后，該技術(shù)得到了廣泛利用。一些研究利用CRISPR-Cas9基因編輯工具進(jìn)行基因篩選，在癌細(xì)胞內(nèi)找到了一些可以用于開發(fā)潛在治療方法的基因弱點。

zui近，來自加拿大多倫多大學(xué)的研究人員在RNF43突變的胰腺導(dǎo)管腺癌（PDAC）細(xì)胞中進(jìn)行了全基因組范圍的CRISPR-Cas9篩選，并找到了可以用于治療該類型癌癥的潛在抗體藥物。這種類型的PDAC依賴Wnt信號進(jìn)行增殖。

在這項研究中，研究人員通過篩選發(fā)現(xiàn)一個有FZD5參與的Wnt信號通路對于攜帶RNF突變的PDAC細(xì)胞的增殖有重要作用，F(xiàn)ZD5是人類基因組編碼的10個Frizzled受體中的一個。研究結(jié)果表明該Wnt受體的表達(dá)水平存在背景依賴性特征。研究人員利用一組重組抗體檢測FZD蛋白的表達(dá)，證實FZD5的功能特征無法通過蛋白表達(dá)情況來解釋。

【9】Nature多篇亮點研究揭示膀胱腫瘤基因組突變中DNA修復(fù)及損傷的關(guān)鍵角色

doi：10.1038/nature12965

在過去幾十年里，*的科學(xué)家們都在對癌細(xì)胞的基因組進(jìn)行解析，試圖揭開驅(qū)動腫瘤生長的基因密碼；隨著對成千上萬個在腫瘤細(xì)胞DNA中積累的基因突變進(jìn)行分析，研究人員如今發(fā)現(xiàn)的致癌基因的數(shù)量越來越多了；近日科學(xué)家們就將研究目光轉(zhuǎn)移到了其它關(guān)鍵問題上，即什么樣的生物學(xué)過程會引發(fā)DNA發(fā)生突變？

來自麻省總醫(yī)院的研究者Gad Getz說道，我們在患者腫瘤中發(fā)現(xiàn)的突變是一種融合形式，即是細(xì)胞中多個不同過程下來的基因“遺骸”，我們并不知道什么過程是預(yù)先發(fā)生的，但利用復(fù)雜的計算機(jī)模型，我們就揭開了其中的機(jī)制，同時揭示了不同癌癥發(fā)生的生物學(xué)機(jī)制，以及如何有效治療癌癥。

發(fā)表在Nature Genetics雜志上的一篇研究報告中，研究者Getz及其同事報道了他們對大約300個尿路上皮腫瘤的深度分析結(jié)果，尿路上皮腫瘤是一種膀胱癌，其每年影響著接近15萬人的健康；文章中研究者揭示了一種已知DNA修復(fù)過程—核苷切除修復(fù)的新型角色，同時研究者還闡明了煙草在癌癥發(fā)生中的基因組證據(jù)。

【10】PNAS：癌癥基因組的“暗物質(zhì)”或可誘發(fā)機(jī)體免疫反應(yīng)

doi：10.1073/pnas.1517584112

近日，一項刊登在雜志Proceedings of the National Academy of Sciences上的研究論文中，來自美國西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院(Icahn School of Medicine)的研究人員通過研究發(fā)現(xiàn)，癌細(xì)胞中的一類非編碼RNA分子可以刺激引發(fā)機(jī)體免疫反應(yīng)，這類非編碼RNA分子具有和病原體類似的特性，由于其在癌癥中可以表達(dá)并被放大，因此機(jī)體中所產(chǎn)生免疫反應(yīng)或許就會影響癌癥的發(fā)展。

這項研究開始于對基因組中暗物質(zhì)的研究，基因組的暗物質(zhì)是一類衛(wèi)星DNA，其可以產(chǎn)生大量的非編碼RNA（ncRNA），這類RNA分子并不會產(chǎn)生蛋白質(zhì)，但卻具有重要的調(diào)節(jié)作用；Benjamin Greenbaum博士指出，我們在人類和小鼠的癌細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了大量的ncRNAs，這些RNA分子存在于機(jī)體的垃圾DNA區(qū)域，在過去5年里，科學(xué)家們慢慢開始研究發(fā)現(xiàn)ncRNAs或許也具有重要的作用。

癌癥似乎可以利用這些ncRNAs來刺激機(jī)體免疫反應(yīng)，從而促進(jìn)腫瘤的生長和生存，但研究者目前并不知道ncRNAs的具體功能；未來研究中或許會對這類分子進(jìn)行定義，認(rèn)為其可以幫助癌癥發(fā)展，當(dāng)然ncRNAs分子也可以被靶向作用來抑制其它分子或者利用ncRNAs作為標(biāo)志物來理解癌癥的進(jìn)展。